前面已经提到，除三峡水库之外，重庆行政范围内还分布有2730座水库，总库容达37亿立方米。不计算三峡水库，重庆人均拥有水库库容120立方米；计算三峡水库，重庆人均拥有水库库容1400立方米。但是在2006年旱灾期间，重庆市的许多水库都不能发挥作用水利工程的作用。

和中国其他地区的情况基本一致，重庆市的水库大坝也多危坝病库。一遇到暴雨、洪水，人们都指望大坝工程能发挥所谓的防洪效益，然而这些大坝工程非但不能发挥作用，而是成为防洪过程中要重点保护的重点对象。一旦大坝发生溃坝，则自然洪水加上溃坝洪水，灾害更加严重。中华人民共和国成立五十多年来，死于溃坝洪水的人数远远多于死于自然洪水的人数。国家防洪抗旱副总指挥说，一到汛期，他就睡不好觉，只怕大坝发生溃坝。所以每年汛期到来之前，国家防洪抗旱总指挥部总要三番五次地下达命令，要求水库降低蓄水位，至安全线之下，保证水库大坝工程安全渡汛。年年如此。2006年也是一样。国家防洪抗旱总指挥部以为2006年长江流域会发生大洪水。

对重庆、四川来说，2006年不一样的是，今年汛期，从7月初到8月中旬基本上没有下雨。人们面临的不是洪水问题，而是降水不够的问题——干旱问题。但是几千座水库已经在“汛期”到来之前就已经把水放完，对“汛期”出现的干旱问题无可奈何，也无法发挥水库的抗旱作用。同样，水库对“枯水期”出现的洪水也无能为力，因为那时水库的水位又抬升到最高蓄水位，没有多余的库容可以容纳洪水。而重庆在历史上也出现过“枯水期”的大洪水。

中国的许多水库大坝工程都是多目标的工程，比如三峡工程的目标有防洪、发电、航运、供水等等，还有保证水库运行的“排浑蓄清”措施，这些目标、措施是互相矛盾的。在水库运行中，这些目标会发生矛盾。由于发电功能直接涉及大坝工程经营者的经济利益，在运行调度中忽视其他目标的要求，从而发生调度指挥的错误。而这些人为的调度错误必然会加大自然灾害的危害。

多目标的水库大坝工程能发挥多种效益的技术前提是，未来的气候（包括降水和上游来水）是可准确预报的，大坝工程可事先根据天气预报而制作调度计划。但是在目前的科学技术水平下，尽管有气象卫星、有高速计算机，准确预报未来的气候（无论是长期、中期甚至短缺）是不可能的。所以，不能高估这些多目标的水库大坝工程的效能。

三峡工程可行性研究报告中说三峡工程有许多工程效益，能防洪、能增加供水等等。三峡工程可行性研究报告是从多年平均降雨出发，从多年平均降雨的时间分布出发，从长江多年平均径流量出发，从长江多年平均径流量的时间分布出发，推算出三峡工程在理想条件下的最佳工程效益。而从来没有计算过，在最不利的条件下，三峡工程的负面效益是多大。和人一样，大自然也有发脾气的时候。大自然并不听从三峡工程可行性论证报告的安排，它从不以多年平均降雨量和时间分布曲线来降雨，长江也不以多年平均径流量和时间分布曲线来运动。一旦出现2006年“汛期”的干旱，或者是“枯水期”的大洪水，三峡工程就无能为力了。

2006年7月18日起三峡大坝开闸泄洪，是三峡水库运行调度的错误。它加重了重庆的旱灾灾情。2006年重庆和四川省的水库在汛期之前将蓄水全部泄放，也是指挥调度的错误。