（一）内部部局

　　内部部局是在运用自卫队的基本方针等方面辅助防卫厅长官的参谋机构，经过1997年机构改革后，由长官官房、防卫局、运用训练局、人事教育局、经理局和装备局组成。主要负责日军作战和警备行动的调整、军事行动、编制装备、人事工作、军费预算决算和财会工作、教育训练、医疗保健、军品采购、研究开发、工程设施等三军业务的计划、管理和领导。长官官房长和各局局长均为防卫厅长官的参事官，负责直接协助防卫厅长官对陆海空三军实施全面监督和领导，并指导三军参谋部和参谋长联席会议的工作，包括制定方针、计划；下达指示；审查、批复工作方针和计划。内部部局是旧军的中央职能机构，1996年编制员额为583人，均为文职官员。

　　1、长官官房

　　下设防卫审议官5人、长官官房计划官6人、秘书课、总务课、法规课和宣传课，主要负责协调各局工作和与国会联系。其中，防卫审议官和计划官负责协助官房长调查、计划、处理官房的主要业务工作；秘书课负责保管官房和防卫厅的印鉴，掌管内部部局的组织编制、人事业务和外事活动等；总务课负责审查、收发、编辑、保管文件，提高工作效率和办公室现代化，考核和统计工作成绩，与国会联系，图书馆工作等；法规课负责审定和起草各种有关法令及重要文件，对有关的法律进行调查研究等；宣传保负责宣传、出版业务等。

　　2、防卫局

　　下设防卫政策课、国际关系课、调查课和计划课，主要负责作战、军备控制与裁军和情报工作。其中，防卫政策课负责防卫和警备的基本业务，对本局的各种规章制度进行综合调查研究，以及掌管防卫研究所工作；国际关系课负责国际军事合作业务、对外军事交流、军备控制和裁军工作，内含军备管理计划室；调查课负责制定军事情报工作的方针政策，协调参谋长联席会议与陆海空三军的情报工作，搜集整理国内外有关的军事情报资料，负责作战与警备行动的保密工作；计划课负责三军组织、编制、装备和部署的基本业务，对中、长期的防卫计划和全局工作做出科学的分析和评估。该局的防卫政策课、国际关系课和计划课是近年来防卫厅依据形势的发展变化和日军任务扩大的需要，在机构改革过程中新设的。

　　3．运用训练局

　　运用训练局于1997年由原教育训练局、装备局、防卫局的有关课撤并而成，下设指挥通信课、运用第1课、运用第2课和训练课，主要负责指挥通信和部队的运用、训练工作。其中，指挥通信课负责部队作战文书传输手段等的研讨，中央指挥所的管理，有关通信器材的采购、劳务人员的雇用、设施设备维护、统一规格和研制改进的计划与管理，通信设施施工的计划、管理，通信技术指导，综合防卫数据通信网的建设和电波管制等工作；运用第1课负责部队制度方面的研究和调整、综合政策的立案等；运用第2课负责部队抢险救灾、国际维和活动的派遣等；训练课负责部队的基本训练。

　　4、人事教育局

　　人事教育局于1997年由原人事局和教育训练局有关课改编而成，下设人事第1课、人事第2课、教育课、卫生课和福利课，主要负责全军的人事、院校训练、卫生保健和福利工作等。其中，人事第1课负责军官。学员的任免、身份、奖惩。服务、规章制度及其他人事业务，有关职员的勤务制度，公证审查会和退役军人就业审查会的管理事宜；人事第2课负责职员（不含内部部局的职员）、士兵和预备役人员的任免、身份、奖惩、服务、规章制度、供给制度、退职手续、受灾补助制度及其他人事业务；教育课负责院校基本教育训练，有关防卫大学的管理，举办运动会，协助对南极的科学考察以及其他事宜；卫生课负责全军的卫生保健和医疗的基本调查研究，药品和医疗器材的采购计划、规格的统一和医疗器械设备的改善，有关防卫医科大学的管理事宜等工作；福利课负责全军的基本福利待遇、互助会管理、宿舍计划、养老金和退职金的管理等。

　　5、经理局

　　下设会计课、监察课和工程设施课，主要负责全军的财经工作等。其中，会计课负责日军的经费使用、预算和决算，内部部局的财会业务和行政资产管理；监查课负责会计和旅费制度、经费使用预算（不含会计课所管项目），财会监查、诉讼和赔偿损失的有关事宜；工程设施课负责行政资产的全面管理，设施（不含通信电子设施）的接收、维护、使用的调整和管理，土木建筑的承建管理等。

　　6、装备局

　　下设管理课、舰船军械课、飞机课和开发计划课，主要负责武器装备的采购、维修和补给等的计划管理工作。其中，管理课负责综合协调本局各课的业务，制定装备品的采购。统一规格和研制改进工作方针与计划，装备采购和劳务人员雇用制度的制定、管理及统一规格，并负责采购实施本部业务管理工作；舰船军械课负责舰船、武器、弹药、车辆、设施器材、扫雷器材、化学器材等的采购计划与管理、统一规格和研制改进工作等（不含飞机课和开发计划课所管项目）事宜；飞机课负责飞机、机载武器、制导武器及其有关器材的采购计划与管理、统一规格和研制改进业务（不含开发计划课所管项目）等工作；开发计划课负责装备的研制改进（不含管理课所管项目），制定装备品的研制改进制度和计划，并负责技术研究本部业务管理工作。